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  High-resolution quantitative profiling of tRNA abundance and modification status in eukaryotes by mim-tRNAseq

Behrens, A., Rodschinka, G., & Nedialkova, D. D. (2021). High-resolution quantitative profiling of tRNA abundance and modification status in eukaryotes by mim-tRNAseq. Molecular Cell, 81(8), 1802-+. doi:10.1016/j.molcel.2021.01.028.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0008-A38C-2 Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0008-E842-8
Genre: Zeitschriftenartikel

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1-s2.0-S1097276521000484-main.pdf (Verlagsversion), 6MB
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https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0008-E843-7
Name:
1-s2.0-S1097276521000484-main.pdf
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Open Access
Lizenz:
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Behrens, Andrew1, Autor           
Rodschinka, Geraldine1, Autor           
Nedialkova, Danny D.1, Autor           
Affiliations:
1Nedialkova, Danny / Mechanisms of Protein Biogenesis, Max Planck Institute of Biochemistry, Max Planck Society, ou_2466698              

Inhalt

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Schlagwörter: MESSENGER-RNA; REVEALS; COMPLEX; SEQ; IDENTIFICATION; MITOCHONDRIAL; RECOGNITION; LANDSCAPE; SEQUENCES; EFFICIENTBiochemistry & Molecular Biology; Cell Biology;
 Zusammenfassung: Measurements of cellular tRNA abundance are hampered by pervasive blocks to cDNA synthesis at modified nucleosides and the extensive similarity among tRNA genes. We overcome these limitations with modification-induced misincorporation tRNA sequencing (mim-tRNAseq), which combines a workflow for full-length cDNA library construction from endogenously modified tRNA with a comprehensive and user-friendly computational analysis toolkit. Our method accurately captures tRNA abundance and modification status in yeast, fly, and human cells and is applicable to any organism with a known genome. We applied mim-tRNAseq to discover a dramatic heterogeneity of tRNA isodecoder pools among diverse human cell lines and a surprising interdependence of modifications at distinct sites within the same tRNA transcript.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2021
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: 21
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: ISI: 000641452300006
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.01.028
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Molecular Cell
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: Cambridge, Mass. : Cell Press
Seiten: - Band / Heft: 81 (8) Artikelnummer: - Start- / Endseite: 1802 - + Identifikator: ISSN: 1097-2765
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/954925610929