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  Design Features to Accelerate the Higher-Order Assembly of DNA Origami on Membranes

Qutbuddin, Y., Krohn, J.-H., Brüggenthies, G. A., Stein, J., Gavrilovic, S., Stehr, F., et al. (2021). Design Features to Accelerate the Higher-Order Assembly of DNA Origami on Membranes. The Journal of Physical Chemistry B, 125, 3181-13191. doi:10.1021/acs.jpcb.1c07694.

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Genre: Zeitschriftenartikel

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acs.jpcb.1c07694.pdf (Verlagsversion), 7MB
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acs.jpcb.1c07694.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
© 2021 The Authors. Open access funded by Max Planck Society.
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5722606.zip (Ergänzendes Material), 26MB
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5722606.zip
Beschreibung:
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OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
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application/zip / [MD5]
Technische Metadaten:
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-
Copyright Info:
-
Lizenz:
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Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Qutbuddin, Yusuf1, Autor
Krohn, Jan-Hagen1, Autor
Brüggenthies, Gereon A. 1, Autor
Stein, Johannes1, Autor           
Gavrilovic, Svetozar 1, Autor
Stehr, Florian1, Autor           
Schwille, Petra1, Autor           
Affiliations:
1Schwille, Petra / Cellular and Molecular Biophysics, Max Planck Institute of Biochemistry, Max Planck Society, ou_1565169              

Inhalt

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Schlagwörter: Chemical structure, Superstructures, Scaffolds, Nucleic acid structure, DNA origami
 Zusammenfassung: Nanotechnology often exploits DNA origami nanostructures assembled into even larger superstructures up to micrometer sizes with nanometer shape precision. However, large-scale assembly of such structures is very time-consuming. Here, we investigated the efficiency of superstructure assembly on surfaces using indirect cross-linking through low-complexity connector strands binding staple strand extensions, instead of connector strands binding to scaffold loops. Using single-molecule imaging techniques, including fluorescence microscopy and atomic force microscopy, we show that low sequence complexity connector strands allow formation of DNA origami superstructures on lipid membranes, with an order-of-magnitude enhancement in the assembly speed of superstructures. A number of effects, including suppression of DNA hairpin formation, high local effective binding site concentration, and multivalency are proposed to contribute to the acceleration. Thus, the use of low-complexity sequences for DNA origami higher-order assembly offers a very simple but efficient way of improving throughput in DNA origami design.

Details

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Sprache(n):
 Datum: 2021-08-312021-11-24
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: Published as part of The Journal of Physical Chemistry virtual special issue “W. E. Moerner Festschrift”.
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: DOI: 10.1021/acs.jpcb.1c07694
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Projektname : BIOMOLMACS Marie Skłodowska-Curie grant agreement (Y.Q.)
Grant ID : 859416
Förderprogramm : Horizon 2020 (H2020)
Förderorganisation : European Commission (EC)
Projektname : EXC-2094–390783311
Grant ID : -
Förderprogramm : Germany’s Excellence Strategy
Förderorganisation : Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, German Research Foundation)

Quelle 1

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Titel: The Journal of Physical Chemistry B
  Kurztitel : J. Phys. Chem. B
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: Washington, D.C. : American Chemical Society
Seiten: - Band / Heft: 125 Artikelnummer: - Start- / Endseite: 3181 - 13191 Identifikator: ISSN: 1520-6106
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/1000000000293370_1