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  Capture-C: a modular and flexible approach for high-resolution chromosome conformation capture

Downes, D. J., Smith, A. L., Karpinska, M. A., Velychko, T., Rue-Albrecht, K., Sims, D., et al. (2022). Capture-C: a modular and flexible approach for high-resolution chromosome conformation capture. Nature Protocols, 17(2), 445-475. doi:10.1038/s41596-021-00651-w.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000A-2DF7-E Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000D-9594-3
Genre: Zeitschriftenartikel

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3368531.pdf (Verlagsversion), 2MB
 
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Eingeschränkt ( Max Planck Society (every institute); )
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application/pdf
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Sichtbarkeit:
Eingeschränkt ( Max Planck Society (every institute); )
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
2023-06-07
Copyright Info:
-
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Downes, D. J., Autor
Smith, A. L., Autor
Karpinska, M. A.1, Autor           
Velychko, T.2, Autor           
Rue-Albrecht, K., Autor
Sims, D., Autor
Milne, T. A., Autor
Davies, J. O. J., Autor
Oudelaar, A. M.1, Autor           
Hughes, J. R., Autor
Affiliations:
1Lise Meitner Group Genome Organization and Regulation, Max Planck Institute for Multidisciplinary Sciences, Max Planck Society, ou_3350292              
2Department of Molecular Biology, Max Planck Institute for Multidisciplinary Sciences, Max Planck Society, ou_3350224              

Inhalt

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Schlagwörter: Chromatin analysis; Data processing; Functional genomics; Gene regulation
 Zusammenfassung: Chromosome conformation capture (3C) methods measure the spatial proximity between DNA elements in the cell nucleus. Many methods have been developed to sample 3C material, including the Capture-C family of protocols. Capture-C methods use oligonucleotides to enrich for interactions of interest from sequencing-ready 3C libraries. This approach is modular and has been adapted and optimized to work for sampling of disperse DNA elements (NuTi Capture-C), including from low cell inputs (LI Capture-C), as well as to generate Hi-C like maps for specific regions of interest (Tiled-C) and to interrogate multiway interactions (Tri-C). We present the design, experimental protocol and analysis pipeline for NuTi Capture-C in addition to the variations for generation of LI Capture-C, Tiled-C and Tri-C data. The entire procedure can be performed in 3 weeks and requires standard molecular biology skills and equipment, access to a next-generation sequencing platform, and basic bioinformatic skills. Implemented with other sequencing technologies, these methods can be used to identify regulatory interactions and to compare the structural organization of the genome in different cell types and genetic models.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2022-02-042022-02-22
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.1038/s41596-021-00651-w
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Projektname : ---
Grant ID : -
Förderprogramm : -
Förderorganisation : -

Quelle 1

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Titel: Nature Protocols
  Andere : Nat. Protoc.
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: London, UK : Nature Publishing Group
Seiten: - Band / Heft: 17 (2) Artikelnummer: - Start- / Endseite: 445 - 475 Identifikator: ISSN: 1750-2799
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/1000000000223800_1