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  Automatic landmarking identifies new loci associated with face morphology and implicates Neanderthal introgression in human nasal shape

Li, Q., Chen, J., Faux, P., Delgado, M. E., Bonfante, B., Fuentes-Guajardo, M., Mendoza-Revilla, J., Chacón-Duque, J. C., Hurtado, M., Villegas, V., Granja, V., Jaramillo, C., Arias, W., Barquera, R., Everardo-Martínez, P., Sánchez-Quinto, M., Gómez-Valdés, J., Villamil-Ramírez, H., de Cerqueira, C. C. S., Hünemeier, T., Ramallo, V., Wu, S., Du, S., Giardina, A., Paria, S. S., Khokan, M. R., Gonzalez-José, R., Schüler-Faccini, L., Bortolini, M.-C., Acuña-Alonzo, V., Canizales-Quinteros, S., Gallo, C., Poletti, G., Rojas, W., Rothhammer, F., Navarro, N., Wang, S., Adhikari, K., & Ruiz-Linares, A. (2023). Automatic landmarking identifies new loci associated with face morphology and implicates Neanderthal introgression in human nasal shape. Communications Biology, 6:. doi:10.1038/s42003-023-04838-7.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000A-3DBC-F 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000D-1E9F-0
資料種別: 学術論文
その他 : Fully automatic landmarking of 2D photographs identifies novel genetic loci influencing facial features [title of Preprint]

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shh3188.pdf (出版社版), 3MB
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https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000D-1EA0-D
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shh3188.pdf
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-
著作権情報:
-
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shh3188pre.pdf (プレプリント), 999KB
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https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000D-1EA1-C
ファイル名:
shh3188pre.pdf
説明:
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Green
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技術的なメタデータ:
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-
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作成者

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 作成者:
Li, Qing, 著者
Chen, Jieyi, 著者
Faux, Pierre, 著者
Delgado, Miguel Eduardo, 著者
Bonfante, Betty, 著者
Fuentes-Guajardo, Macarena, 著者
Mendoza-Revilla, Javier, 著者
Chacón-Duque, J. Camilo, 著者
Hurtado, Malena, 著者
Villegas, Valeria, 著者
Granja, Vanessa, 著者
Jaramillo, Claudia, 著者
Arias, William, 著者
Barquera, Rodrigo1, 著者                 
Everardo-Martínez, Paola, 著者
Sánchez-Quinto, Mirsha, 著者
Gómez-Valdés, Jorge, 著者
Villamil-Ramírez, Hugo, 著者
de Cerqueira, Caio C. Silva, 著者
Hünemeier, Tábita, 著者
Ramallo, Virginia, 著者Wu, Sijie, 著者Du, Siyuan, 著者Giardina, Andrea, 著者Paria, Soumya Subhra, 著者Khokan, Mahfuzur Rahman, 著者Gonzalez-José, Rolando, 著者Schüler-Faccini, Lavinia, 著者Bortolini, Maria-Cátira, 著者Acuña-Alonzo, Victor, 著者Canizales-Quinteros, Samuel, 著者Gallo, Carla, 著者Poletti, Giovanni, 著者Rojas, Winston, 著者Rothhammer, Francisco, 著者Navarro, Nicolas, 著者Wang, Sijia, 著者Adhikari, Kaustubh, 著者Ruiz-Linares, Andrés, 著者 全て表示
所属:
1Archaeogenetics, Max Planck Institute for the Science of Human History, Max Planck Society, ou_2074310              

内容説明

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キーワード: Genome-wide association studies, Quantitative trait
 要旨: e report a genome-wide association study of facial features in >6000 Latin Americans based on automatic landmarking of 2D portraits and testing for association with inter-landmark distances. We detected significant associations (P-value <5 × 10−8) at 42 genome regions, nine of which have been previously reported. In follow-up analyses, 26 of the 33 novel regions replicate in East Asians, Europeans, or Africans, and one mouse homologous region influences craniofacial morphology in mice. The novel region in 1q32.3 shows introgression from Neanderthals and we find that the introgressed tract increases nasal height (consistent with the differentiation between Neanderthals and modern humans). Novel regions include candidate genes and genome regulatory elements previously implicated in craniofacial development, and show preferential transcription in cranial neural crest cells. The automated approach used here should simplify the collection of large study samples from across the world, facilitating a cosmopolitan characterization of the genetics of facial features.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2023-05-08
 出版の状態: オンラインで出版済み
 ページ: 13
 出版情報: -
 目次: - Introduction
- Results
-- Study sample and phenotyping
-- Trait/covariate correlation and heritability
-- Overview of GWAS results
-- Follow-up of newly associated regions: replication in independent
cohorts.
-- Follow-up of novel face regions in the mouse.
-- Neanderthal introgression in 1q32.3 and facial morphology.
-- Features of novel regions and their effects on ILDs.
-- Genome annotation, Gene Ontology and transcription patterns
in associated regions.
- Discussion
- Methods
-- Study subjects
-- Genotype data
-- Phenotyping
-- Statistical genetic analysis
-- Genome-wide association analyses and correction for population stratification.
-- Mouse analyses.
-- Neanderthal introgression analyses.
-- Neanderthal and modern human skull comparison.
-- Annotation of SNPs in FUMA (functional mapping and annotation).
-- Gene Ontology (GO) analysis and transcription patterns in newly associated regions.
 査読: 査読あり
 識別子(DOI, ISBNなど): DOI: 10.1038/s42003-023-04838-7
DOI: 10.21203/rs.3.rs-1479643/v1
その他: shh3188
 学位: -

関連イベント

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訴訟

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出版物 1

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出版物名: Communications Biology
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: London : Springer Nature
ページ: - 巻号: 6 通巻号: 481 開始・終了ページ: - 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): ISSN: 2399-3642
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/2399-3642

出版物 2

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出版物名: Research Square
種別: Web Page
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: -
ページ: - 巻号: - 通巻号: rs.3.rs-1479643/v1 開始・終了ページ: - 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): URN: https://www.researchsquare.com/