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  Data Analysis for DNA Stable Isotope Probing Experiments Using Multiple Window High-Resolution SIP

Barnett, S., Youngblut, N., & Buckley, D. (2019). Data Analysis for DNA Stable Isotope Probing Experiments Using Multiple Window High-Resolution SIP. In Methods in Molecular Biology. US: Springer.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000A-672F-F Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000A-6730-C
Genre: Buchkapitel

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Barnett, SE, Autor
Youngblut, ND1, Autor           
Buckley, DH, Autor
Affiliations:
1Department Microbiome Science, Max Planck Institute for Developmental Biology, Max Planck Society, ou_3375789              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: DNA stable isotope probing (DNA-SIP) allows for the identification of microbes that assimilate isotopically labeled substrates into DNA. Here we describe the analysis of sequencing data using the multiple window high-resolution DNA-SIP method (MW-HR-SIP). MW-HR-SIP has improved accuracy over other methods and is easily implemented on the statistical platform R. We also discuss key experimental parameters to consider when designing DNA-SIP experiments and how these parameters affect accuracy of analysis.

Details

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Sprache(n):
 Datum: 2019
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: DOI: 10.1007/978-1-4939-9721-3_9
PMID: 31407300
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Methods in Molecular Biology
  Andere : Methods Mol. Biol.
Genre der Quelle: Reihe
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: US : Springer
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: ISSN: 1064-3745
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/954927725544

Quelle 2

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Titel: Stable Isotope Probing: Methods and Protocols
Genre der Quelle: Buch
 Urheber:
Dumani, MG, Herausgeber
Hernández García, M, Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: New York, NY, USA : Humana Press
Seiten: 247 Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: 109 - 128 Identifikator: ISBN: 978-1-4939-9720-6