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  Dual RNA-Seq of Chlamydia and Host Cells

Marsh, J., Hayward, R., Shetty, A., Mahurkar, A., Humphrys, M., & Myers, G. (2019). Dual RNA-Seq of Chlamydia and Host Cells. In Methods in Molecular Biology. US: Springer.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000A-673E-E Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000A-673F-D
Genre: Buchkapitel

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Marsh, JW1, Autor           
Hayward, RJ, Autor
Shetty, A, Autor
Mahurkar, A, Autor
Humphrys, MS, Autor
Myers, GSA, Autor
Affiliations:
1Department Microbiome Science, Max Planck Institute for Developmental Biology, Max Planck Society, ou_3375789              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: During the infection of a host cell by a bacterial pathogen, a cascading series of gene expression changes occurs as each organism manipulates or responds to the other via defense or survival strategies. Unraveling this complex interplay is key for our understanding of bacterial virulence and host response pathways for the development of novel therapeutics. Dual RNA sequencing (dual RNA-Seq) has recently been developed to simultaneously capture host and bacterial transcriptomes from an infected cell. Leveraging the sensitivity and resolution allowed by RNA-seq, dual RNA-Seq can be applied to any bacteria-eukaryotic host interaction. We pioneered dual RNA-Seq to simultaneously capture Chlamydia and host expression profiles during an in vitro infection as proof of principle. Here we provide a detailed laboratory protocol and bioinformatics analysis guidelines for dual RNA-seq experiments focusing on Chlamydia as the organism of interest.

Details

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Sprache(n):
 Datum: 2019
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: DOI: 10.1007/978-1-4939-9694-0_9
PMID: 31385273
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Methods in Molecular Biology
  Andere : Methods Mol. Biol.
Genre der Quelle: Reihe
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: US : Springer
Seiten: - Band / Heft: 2042 Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: ISSN: 1064-3745
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/954927725544

Quelle 2

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Titel: Chlamydia trachomatis: Methods and Protocols
Genre der Quelle: Buch
 Urheber:
Brown, AC, Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: New York, NY, USA : Humana Press
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: 123 - 135 Identifikator: ISBN: 1-4939-9696-7