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  Gamete binning: chromosome-level and haplotype-resolved genome assembly enabled by high-throughput single-cell sequencing of gamete genomes

Campoy, J. A., Sun, H., Goel, M., Jiao, W. B., Folz-Donahue, K., Wang, N., Rubio, M., Liu, C., Kukat, C., Ruiz, D., Huettel, B., & Schneeberger, K. (2020). Gamete binning: chromosome-level and haplotype-resolved genome assembly enabled by high-throughput single-cell sequencing of gamete genomes. Genome Biol, 21(1), 306. doi:10.1186/s13059-020-02235-5.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000B-3090-B 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000B-3091-A
資料種別: 学術論文

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URL:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/33372615 (全文テキスト(全般))
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-
OA-Status:
Not specified

作成者

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 作成者:
Campoy, J. A., 著者
Sun, H., 著者
Goel, M., 著者
Jiao, W. B., 著者
Folz-Donahue, K.1, 著者           
Wang, N., 著者
Rubio, M., 著者
Liu, C., 著者
Kukat, C.1, 著者           
Ruiz, D., 著者
Huettel, B., 著者
Schneeberger, K., 著者
所属:
1FACS & Imaging, Core Facilities, Max Planck Institute for Biology of Ageing, Max Planck Society, ou_1942304              

内容説明

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キーワード: De novo assembly Haplotype-resolved assembly Haplotyping Phasing Single-cell sequencing
 要旨: Generating chromosome-level, haplotype-resolved assemblies of heterozygous genomes remains challenging. To address this, we developed gamete binning, a method based on single-cell sequencing of haploid gametes enabling separation of the whole-genome sequencing reads into haplotype-specific reads sets. After assembling the reads of each haplotype, the contigs are scaffolded to chromosome level using a genetic map derived from the gametes. We assemble the two genomes of a diploid apricot tree based on whole-genome sequencing of 445 individual pollen grains. The two haplotype assemblies (N50: 25.5 and 25.8 Mb) feature a haplotyping precision of greater than 99% and are accurately scaffolded to chromosome-level.

資料詳細

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 日付: 2020-122020-12-30
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: -
 識別子(DOI, ISBNなど): その他: 33372615
DOI: 10.1186/s13059-020-02235-5
ISSN: 1474-760X (Electronic)1474-7596 (Linking)
 学位: -

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訴訟

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出版物 1

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出版物名: Genome Biol
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: -
ページ: - 巻号: 21 (1) 通巻号: - 開始・終了ページ: 306 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): -