A Combinatorial Approach to Protein Docking with Flexible Side-Chains

Althaus, E; Kohlbacher, O; Lenhof, H-P; Müller, P

doi:10.1145/332306.332319

A Combinatorial Approach to Protein Docking with Flexible Side-Chains

Althaus, E., Kohlbacher, O., Lenhof, H.-P., & Müller, P. (2000). A Combinatorial Approach to Protein Docking with Flexible Side-Chains. In R., Shamir, S., Miyano, S., Istrail, P., Pevzner, & M., Waterman (Eds.), Proceedings of the 4th Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB-00) (pp. 15-24). New York, USA: ACM Press.

Item is 公開

表示: 全項目

基本情報

非表示:

アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000B-235C-7 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000B-235D-6

資料種別: 会議論文

ファイル

表示: ファイル

作成者

非表示:

作成者:
Althaus, E, 著者
Kohlbacher, O¹, 著者
Lenhof, H-P, 著者
Müller, P, 著者

所属:
1External Organizations, ou_persistent22

内容説明

非表示:

キーワード: -

要旨: Rigid body docking approaches are not sufficient to predict the structure of a protein complex from the unbound (native) structures of the two proteins. Accounting for side—chain flexibility is an important step towards fully flexible protein docking. This work describes an approach that allows conformational flexibility for the side—chains while keeping the protein backbone rigid. Starting from candidates created by a rigid docking algorithm, we demangle the side—chains of the docking site, thus creating reasonable approximations of the true complex structure. These structures are ranked with respect to the binding free energy. We present two new techniques for side—chain demangling. Both approaches are based on a discrete representation of the side—chain conformational space by the use of a rotamer library. This leads to a combinatorial optimization problem. For the solution of this problem we propose a fast heuristic approach and an exact, albeit slower method using branch—&—cut techniques. As a test set we use the unbound structures of three proteases and the corresponding protein inhibitors. For each of the examples the highest—ranking conformation produced was a good approximation of the true complex structure.

資料詳細

非表示:

言語: eng - English

日付: 出版: 2000-04

出版の状態: 出版

ページ: -

出版情報: -

目次: -

査読: -

識別子（DOI, ISBNなど）: DOI: 10.1145/332306.332319

学位: -

訴訟

表示:

Project information

表示:

出版物 1

非表示:

出版物名: Proceedings of the 4th Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB-00)

種別: 会議論文集

著者・編者:
Shamir, R, 編集者
Miyano, S, 編集者
Istrail, S, 編集者
Pevzner, P, 編集者
Waterman, M, 編集者

所属:
-

出版社, 出版地: New York, USA : ACM Press

ページ: 329 巻号: - 通巻号: - 開始・終了ページ: 15 - 24 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISBN: 978-1-58113-186-4

アイテム詳細

基本情報

ファイル

関連URL

作成者

内容説明

資料詳細

関連イベント

訴訟

Project information

出版物 1