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  Disease variants alter transcription factor levels and methylation of their binding sites

Bonder, M. J., Luijk, R., Zhernakova, D. V., Moed, M., Deelen, P., Vermaat, M., van Iterson, M., van Dijk, F., van Galen, M., Bot, J., Slieker, R. C., Jhamai, P. M., Verbiest, M., Suchiman, H. E., Verkerk, M., van der Breggen, R., van Rooij, J., Lakenberg, N., Arindrarto, W., Kielbasa, S. M., Jonkers, I., van 't Hof, P., Nooren, I., Beekman, M., Deelen, J., van Heemst, D., Zhernakova, A., Tigchelaar, E. F., Swertz, M. A., Hofman, A., Uitterlinden, A. G., Pool, R., van Dongen, J., Hottenga, J. J., Stehouwer, C. D., van der Kallen, C. J., Schalkwijk, C. G., van den Berg, L. H., van Zwet, E. W., Mei, H., Li, Y., Lemire, M., Hudson, T. J., Consortium, B., Slagboom, P. E., Wijmenga, C., Veldink, J. H., van Greevenbroek, M. M., van Duijn, C. M., Boomsma, D. I., Isaacs, A., Jansen, R., van Meurs, J. B., t Hoen, P. A., Franke, L., & Heijmans, B. T. (2017). Disease variants alter transcription factor levels and methylation of their binding sites. Nat Genet, 49(1), 131-138. doi:10.1038/ng.3721.

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000B-7149-4 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000C-0863-C
資料種別: 学術論文

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27918535 (全文テキスト（全般）)
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Bonder, M. J., 著者
Luijk, R., 著者
Zhernakova, D. V., 著者
Moed, M., 著者
Deelen, P., 著者
Vermaat, M., 著者
van Iterson, M., 著者
van Dijk, F., 著者
van Galen, M., 著者
Bot, J., 著者
Slieker, R. C., 著者
Jhamai, P. M., 著者
Verbiest, M., 著者
Suchiman, H. E., 著者
Verkerk, M., 著者
van der Breggen, R., 著者
van Rooij, J., 著者
Lakenberg, N., 著者
Arindrarto, W., 著者
Kielbasa, S. M., 著者
Jonkers, I., 著者van 't Hof, P., 著者Nooren, I., 著者Beekman, M., 著者Deelen, J.1, 著者           van Heemst, D., 著者Zhernakova, A., 著者Tigchelaar, E. F., 著者Swertz, M. A., 著者Hofman, A., 著者Uitterlinden, A. G., 著者Pool, R., 著者van Dongen, J., 著者Hottenga, J. J., 著者Stehouwer, C. D., 著者van der Kallen, C. J., 著者Schalkwijk, C. G., 著者van den Berg, L. H., 著者van Zwet, E. W., 著者Mei, H., 著者Li, Y., 著者Lemire, M., 著者Hudson, T. J., 著者Consortium, Bios, 著者Slagboom, P. E., 著者           Wijmenga, C., 著者Veldink, J. H., 著者van Greevenbroek, M. M., 著者van Duijn, C. M., 著者Boomsma, D. I., 著者Isaacs, A., 著者Jansen, R., 著者van Meurs, J. B., 著者t Hoen, P. A., 著者Franke, L., 著者Heijmans, B. T., 著者 全て表示
所属:
1Deelen – Genetics and Biomarkers of Human Ageing, Research Groups, Max Planck Institute for Biology of Ageing, Max Planck Society, ou_3394006              

内容説明

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キーワード: Binding Sites Cohort Studies *DNA Methylation Disease/*genetics Female *Gene Expression Regulation Genome, Human Genome-Wide Association Study Humans Male Middle Aged Phenotype Polymorphism, Single Nucleotide/*genetics *Quantitative Trait Loci Transcription Factors/*metabolism
 要旨: Most disease-associated genetic variants are noncoding, making it challenging to design experiments to understand their functional consequences. Identification of expression quantitative trait loci (eQTLs) has been a powerful approach to infer the downstream effects of disease-associated variants, but most of these variants remain unexplained. The analysis of DNA methylation, a key component of the epigenome, offers highly complementary data on the regulatory potential of genomic regions. Here we show that disease-associated variants have widespread effects on DNA methylation in trans that likely reflect differential occupancy of trans binding sites by cis-regulated transcription factors. Using multiple omics data sets from 3,841 Dutch individuals, we identified 1,907 established trait-associated SNPs that affect the methylation levels of 10,141 different CpG sites in trans (false discovery rate (FDR) < 0.05). These included SNPs that affect both the expression of a nearby transcription factor (such as NFKB1, CTCF and NKX2-3) and methylation of its respective binding site across the genome. Trans methylation QTLs effectively expose the downstream effects of disease-associated variants.

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 日付: 2016-12-062017-01
 出版の状態: 出版
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 出版情報: -
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 査読: -
 識別子（DOI, ISBNなど）: DOI: 10.1038/ng.3721
ISSN: 1546-1718 (Electronic)1061-4036 (Linking)
 学位: -

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出版物 1

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出版物名: Nat Genet
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
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出版社, 出版地: -
ページ: - 巻号: 49 (1) 通巻号: - 開始・終了ページ: 131 - 138 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: -