Identification of context-dependent expression quantitative trait loci in whole 
blood

Zhernakova, D. V.; Deelen, P.; Vermaat, M.; van Iterson, M.; van Galen, M.; Arindrarto, W.; van 't Hof, P.; Mei, H.; van Dijk, F.; Westra, H. J.; Bonder, M. J.; van Rooij, J.; Verkerk, M.; Jhamai, P. M.; Moed, M.; Kielbasa, S. M.; Bot, J.; Nooren, I.; Pool, R.; van Dongen, J.; Hottenga, J. J.; Stehouwer, C. D.; van der Kallen, C. J.; Schalkwijk, C. G.; Zhernakova, A.; Li, Y.; Tigchelaar, E. F.; de Klein, N.; Beekman, M.; Deelen, J.; van Heemst, D.; van den Berg, L. H.; Hofman, A.; Uitterlinden, A. G.; van Greevenbroek, M. M.; Veldink, J. H.; Boomsma, D. I.; van Duijn, C. M.; Wijmenga, C.; Slagboom, P. E.; Swertz, M. A.; Isaacs, A.; van Meurs, J. B.; Jansen, R.; Heijmans, B. T.; t Hoen, P. A.; Franke, L.

doi:10.1038/ng.3737

Identification of context-dependent expression quantitative trait loci in whole blood

Zhernakova, D. V., Deelen, P., Vermaat, M., van Iterson, M., van Galen, M., Arindrarto, W., van 't Hof, P., Mei, H., van Dijk, F., Westra, H. J., Bonder, M. J., van Rooij, J., Verkerk, M., Jhamai, P. M., Moed, M., Kielbasa, S. M., Bot, J., Nooren, I., Pool, R., van Dongen, J., Hottenga, J. J., Stehouwer, C. D., van der Kallen, C. J., Schalkwijk, C. G., Zhernakova, A., Li, Y., Tigchelaar, E. F., de Klein, N., Beekman, M., Deelen, J., van Heemst, D., van den Berg, L. H., Hofman, A., Uitterlinden, A. G., van Greevenbroek, M. M., Veldink, J. H., Boomsma, D. I., van Duijn, C. M., Wijmenga, C., Slagboom, P. E., Swertz, M. A., Isaacs, A., van Meurs, J. B., Jansen, R., Heijmans, B. T., t Hoen, P. A., & Franke, L. (2017). Identification of context-dependent expression quantitative trait loci in whole blood. Nat Genet, 49(1), 139-145. doi:10.1038/ng.3737.

Item is 公開

表示: 全項目非表示: 全項目

基本情報

表示: 非表示:

アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000B-68C3-4 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000C-0864-B

資料種別: 学術論文

ファイル

表示: ファイル

作成者

表示:

非表示:

作成者:
Zhernakova, D. V., 著者
Deelen, P., 著者
Vermaat, M., 著者
van Iterson, M., 著者
van Galen, M., 著者
Arindrarto, W., 著者
van 't Hof, P., 著者
Mei, H., 著者
van Dijk, F., 著者
Westra, H. J., 著者
Bonder, M. J., 著者
van Rooij, J., 著者
Verkerk, M., 著者
Jhamai, P. M., 著者
Moed, M., 著者
Kielbasa, S. M., 著者
Bot, J., 著者
Nooren, I., 著者
Pool, R., 著者
van Dongen, J., 著者
Hottenga, J. J., 著者Stehouwer, C. D., 著者van der Kallen, C. J., 著者Schalkwijk, C. G., 著者Zhernakova, A., 著者Li, Y., 著者Tigchelaar, E. F., 著者de Klein, N., 著者Beekman, M., 著者Deelen, J.¹, 著者 van Heemst, D., 著者van den Berg, L. H., 著者Hofman, A., 著者Uitterlinden, A. G., 著者van Greevenbroek, M. M., 著者Veldink, J. H., 著者Boomsma, D. I., 著者van Duijn, C. M., 著者Wijmenga, C., 著者Slagboom, P. E., 著者 Swertz, M. A., 著者Isaacs, A., 著者van Meurs, J. B., 著者Jansen, R., 著者Heijmans, B. T., 著者t Hoen, P. A., 著者Franke, L., 著者全て表示

所属:
1Deelen – Genetics and Biomarkers of Human Ageing, Research Groups, Max Planck Institute for Biology of Ageing, Max Planck Society, ou_3394006

内容説明

表示:

非表示:

キーワード: Blood Proteins/*genetics Cell Lineage/*genetics Cohort Studies Female Gene Expression Profiling *Genetic Predisposition to Disease High-Throughput Nucleotide Sequencing Humans Male Middle Aged Polymorphism, Single Nucleotide/*genetics Quantitative Trait Loci/*genetics RNA, Messenger/*blood/genetics Regulatory Sequences, Nucleic Acid/*genetics

要旨: Genetic risk factors often localize to noncoding regions of the genome with unknown effects on disease etiology. Expression quantitative trait loci (eQTLs) help to explain the regulatory mechanisms underlying these genetic associations. Knowledge of the context that determines the nature and strength of eQTLs may help identify cell types relevant to pathophysiology and the regulatory networks underlying disease. Here we generated peripheral blood RNA-seq data from 2,116 unrelated individuals and systematically identified context-dependent eQTLs using a hypothesis-free strategy that does not require previous knowledge of the identity of the modifiers. Of the 23,060 significant cis-regulated genes (false discovery rate (FDR) </= 0.05), 2,743 (12%) showed context-dependent eQTL effects. The majority of these effects were influenced by cell type composition. A set of 145 cis-eQTLs depended on type I interferon signaling. Others were modulated by specific transcription factors binding to the eQTL SNPs.

資料詳細

表示:

非表示:

言語:

日付: オンライン出版: 2016-06-12出版: 2017-01

出版の状態: 出版

ページ: -

出版情報: -

目次: -

査読: -

識別子（DOI, ISBNなど）: DOI: 10.1038/ng.3737
ISSN: 1546-1718 (Electronic)1061-4036 (Linking)

学位: -

訴訟

表示:

Project information

表示:

出版物 1

表示:

非表示:

出版物名: Nat Genet

種別: 学術雑誌

著者・編者:

所属:

出版社, 出版地: -

ページ: - 巻号: 49 (1) 通巻号: - 開始・終了ページ: 139 - 145 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: -

アイテム詳細

基本情報

ファイル

関連URL

作成者

内容説明

資料詳細

関連イベント

訴訟

Project information

出版物 1