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  Structural ensembles of disordered proteins from hierarchical chain growth and simulation

Pietrek, L. M., Stelzl, L. S., & Hummer, G. (2023). Structural ensembles of disordered proteins from hierarchical chain growth and simulation. Current Opinion in Structural Biology, 78:. doi:10.1016/j.sbi.2022.102501.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000B-BA69-E 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000D-30BF-6
資料種別: 学術論文

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:
1-s2.0-S0959440X22001804-main.pdf (全文テキスト(全般)), 2MB
ファイルのパーマリンク:
https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000B-C83C-1
ファイル名:
1-s2.0-S0959440X22001804-main.pdf
説明:
-
OA-Status:
Not specified
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MIMEタイプ / チェックサム:
application/pdf / [MD5]
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-
著作権情報:
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CCライセンス:
-

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作成者

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 作成者:
Pietrek, Lisa M.1, 著者                 
Stelzl, Lukas S.2, 3, 4, 著者
Hummer, Gerhard1, 5, 著者                 
所属:
1Department of Theoretical Biophysics, Max Planck Institute of Biophysics, Max Planck Society, ou_2068292              
2Faculty of Biology, Johannes Gutenberg University Mainz, Mainz, Germany, ou_persistent22              
3KOMET 1, Institute of Physics, Johannes Gutenberg University, Mainz, Germany, ou_persistent22              
4Institute of Molecular Biology (IMB) Mainz, Germany, ou_persistent22              
5Institute of Biophysics, Goethe University, Frankfurt am Main, Germany, ou_persistent22              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: Disordered proteins and nucleic acids play key roles in cellular function and disease. Here, we review recent advances in the computational exploration of the conformational dynamics of flexible biomolecules. While atomistic molecular dynamics (MD) simulation has seen a lot of improvement in recent years, large-scale computing resources and careful validation are required to simulate full-length disordered biopolymers in solution. As a computationally efficient alternative, hierarchical chain growth (HCG) combines pre-sampled chain fragments in a statistically reproducible manner into ensembles of full-length atomically detailed biomolecular structures. Experimental data can be integrated during and after chain assembly. Applications to the neurodegeneration-linked proteins α-synuclein, tau, and TDP-43, including as condensate, illustrate the use of HCG. We conclude by highlighting the emerging connections to AI-based structural modeling including AlphaFold2.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2022-12-012023-02
 出版の状態: 出版
 ページ: 9
 出版情報: -
 目次: -
 査読: 査読あり
 識別子(DOI, ISBNなど): DOI: 10.1016/j.sbi.2022.102501
 学位: -

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Project information

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出版物 1

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出版物名: Current Opinion in Structural Biology
  その他 : Curr. Opin. Struct. Biol.
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: Amsterdam : Elsevier
ページ: - 巻号: 78 通巻号: 102501 開始・終了ページ: - 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): ISSN: 0959-440X
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/954925578067