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Las variedades de vid (Vitis vinifera L.) se caracterizan por su alta heterocigosidad (variación entre sus copias genómicas de herencia materna y paterna), lo que obliga a la propagación vegetativa como única vía posible para reproducir su genotipo y sus características varietales. Sin embargo, la propagación vegetativa prolongada da lugar a la acumulación de mutaciones somáticas que en ocasiones pueden producir fenotipos de interés que son la base para la mejora mediante selección clonal. En este trabajo hemos producido ensamblajes de los genomas de Tempranillo y Garnacha. Usando los ensamblajes como referencia, pudimos identificar variación genómica responsable de caracteres de interés en clones o variantes somáticas seleccionadas de cada variedad. En Tempranillo se identificó una deleción de gran tamaño en un clon con color de baya más oscuro de lo normal, relacionada con una reducción en la acumulación de ceras en la cutícula de la baya. En Garnacha se identificaron dos patrones de deleción distintos que causan la pérdida de los genes MYB necesarios para la síntesis de antocianinas en el hollejo, que suponen dos orígenes independientes de la variedad Garnacha Blanca. Estos resultados muestran como el ensamblaje de genoma puede ayudar a conocer el origen de las características varietales y posibilitar la trazabilidad de variación genética clonal útil para la innovación intravarietal.
