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  netMUG: a novel network-guided multi-view clustering workflow for dissecting genetic and facial heterogeneity

Li, Z., Melograna, F., Hoskens, H., Duroux, D., Marazita, M. L., Walsh, S., Weinberg, S. M., Shriver, M. D., Mueller-Myhsok, B., Claes, P., & Van Steen, K. (2023). netMUG: a novel network-guided multi-view clustering workflow for dissecting genetic and facial heterogeneity. FRONTIERS IN GENETICS, 14:. doi:10.3389/fgene.2023.1286800.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000E-2661-A 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000E-26B5-B
資料種別: 学術論文

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作成者

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 作成者:
Li, Zuqi, 著者
Melograna, Federico, 著者
Hoskens, Hanne, 著者
Duroux, Diane, 著者
Marazita, Mary L., 著者
Walsh, Susan, 著者
Weinberg, Seth M., 著者
Shriver, Mark D., 著者
Mueller-Myhsok, Bertram1, 著者           
Claes, Peter, 著者
Van Steen, Kristel, 著者
所属:
1RG Statistical Genetics, Max Planck Institute of Psychiatry, Max Planck Society, ou_2040288              

内容説明

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キーワード: -
 要旨: Introduction: Multi-view data offer advantages over single-view data for characterizing individuals, which is crucial in precision medicine toward personalized prevention, diagnosis, or treatment follow-up.Methods: Here, we develop a network-guided multi-view clustering framework named netMUG to identify actionable subgroups of individuals. This pipeline first adopts sparse multiple canonical correlation analysis to select multi-view features possibly informed by extraneous data, which are then used to construct individual-specific networks (ISNs). Finally, the individual subtypes are automatically derived by hierarchical clustering on these network representations.Results: We applied netMUG to a dataset containing genomic data and facial images to obtain BMI-informed multi-view strata and showed how it could be used for a refined obesity characterization. Benchmark analysis of netMUG on synthetic data with known strata of individuals indicated its superior performance compared with both baseline and benchmark methods for multi-view clustering. The clustering derived from netMUG achieved an adjusted Rand index of 1 with respect to the synthesized true labels. In addition, the real-data analysis revealed subgroups strongly linked to BMI and genetic and facial determinants of these subgroups.Discussion: netMUG provides a powerful strategy, exploiting individual-specific networks to identify meaningful and actionable strata. Moreover, the implementation is easy to generalize to accommodate heterogeneous data sources or highlight data structures.

資料詳細

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言語:
 日付: 2023
 出版の状態: オンラインで出版済み
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: -
 識別子(DOI, ISBNなど): ISI: 001127220800001
DOI: 10.3389/fgene.2023.1286800
 学位: -

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Project information

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出版物 1

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出版物名: FRONTIERS IN GENETICS
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: -
ページ: - 巻号: 14 通巻号: 1286800 開始・終了ページ: - 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): -