CovRadar: continuously tracking and filtering SARS-CoV-2 mutations for genomic 
surveillance

Wittig , Alice; Miranda , Fábio; Hölzer, Martin; Altenburg, Tom; Bartoszewicz, Jakub M.; Beyvers, Sebastian; Dieckmann, Marius A.; Genske, Ulrich; Giese, Sven H.; Nowicka, Melania; Richard, Hugues; Schiebenhoefer, Henning; Schmachtenberg, Anna-Juliane; Sieben, Paul; Tang, Ming; Tembrockhaus, Julius; Renard, Bernhard Y.; Fuchs, Stephan

doi:10.1093/bioinformatics/btac411

CovRadar: continuously tracking and filtering SARS-CoV-2 mutations for genomic surveillance

Wittig, A., Miranda, F., Hölzer, M., Altenburg, T., Bartoszewicz, J. M., Beyvers, S., Dieckmann, M. A., Genske, U., Giese, S. H., Nowicka, M., Richard, H., Schiebenhoefer, H., Schmachtenberg, A.-J., Sieben, P., Tang, M., Tembrockhaus, J., Renard, B. Y., & Fuchs, S. (2022). CovRadar: continuously tracking and filtering SARS-CoV-2 mutations for genomic surveillance. Bioinformatics, 38(17), 4223-4225. doi:10.1093/bioinformatics/btac411.

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資料種別: 学術論文

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Wittig , Alice , 著者
Miranda , Fábio, 著者
Hölzer, Martin, 著者
Altenburg, Tom¹, 著者
Bartoszewicz, Jakub M. , 著者
Beyvers, Sebastian , 著者
Dieckmann, Marius A. , 著者
Genske, Ulrich , 著者
Giese, Sven H. , 著者
Nowicka, Melania¹, 著者
Richard, Hugues , 著者
Schiebenhoefer, Henning , 著者
Schmachtenberg, Anna-Juliane , 著者
Sieben, Paul, 著者
Tang, Ming, 著者
Tembrockhaus, Julius , 著者
Renard, Bernhard Y. , 著者
Fuchs, Stephan , 著者

所属:
1IMPRS for Biology and Computation (Anne-Dominique Gindrat), Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1479666

内容説明

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要旨: The ongoing pandemic caused by SARS-CoV-2 emphasizes the importance of genomic surveillance to understand the evolution of the virus, to monitor the viral population, and plan epidemiological responses. Detailed analysis, easy visualization and intuitive filtering of the latest viral sequences are powerful for this purpose. We present CovRadar, a tool for genomic surveillance of the SARS-CoV-2 Spike protein. CovRadar consists of an analytical pipeline and a web application that enable the analysis and visualization of hundreds of thousand sequences. First, CovRadar extracts the regions of interest using local alignment, then builds a multiple sequence alignment, infers variants and consensus and finally presents the results in an interactive app, making accessing and reporting simple, flexible and fast.

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言語: eng - English

日付: 受理: 2022-06-13オンライン出版: 2022-07-07出版: 2022-09

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識別子（DOI, ISBNなど）: DOI: 10.1093/bioinformatics/btac411
PMID: 35799354

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出版物名: Bioinformatics

種別: 学術雑誌

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出版社, 出版地: Oxford : Oxford University Press

ページ: - 巻号: 38 (17) 通巻号: - 開始・終了ページ: 4223 - 4225 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISSN: 1367-4803
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/954926969991

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