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  The SeqAn C++ template library for efficient sequence analysis: A resource for programmers

Reinert, K., Dadi, T. H., Ehrhardt, M., Hauswedell, H., Mehringer, S., Rahn, R., Kim, J., Pockrandt, C., Winkler, J., Siragusa, E., Urgese, G., & Weese, D. (2017). The SeqAn C++ template library for efficient sequence analysis: A resource for programmers. Journal of Biotechnology, 261, 157-168. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.07.017.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000E-5ABE-8 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000E-5ABF-7
資料種別: 学術論文

ファイル

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:
Journal Biotechnol_Reinert et al_2017.pdf (出版社版), 951KB
ファイルのパーマリンク:
https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000E-5AC0-4
ファイル名:
Journal Biotechnol_Reinert et al_2017.pdf
説明:
-
OA-Status:
Gold
閲覧制限:
公開
MIMEタイプ / チェックサム:
application/pdf / [MD5]
技術的なメタデータ:
著作権日付:
-
著作権情報:
© 2017 The Author(s)

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作成者

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 作成者:
Reinert, Knut1, 著者                 
Dadi, Temesgen Hailemariam2, 著者                 
Ehrhardt, Marcel , 著者
Hauswedell , Hannes , 著者
Mehringer, Svenja2, 著者                 
Rahn, René , 著者
Kim, Jongkyu 2, 著者
Pockrandt, Christopher2, 著者
Winkler, Jörg2, 著者
Siragusa, Enrico , 著者
Urgese, Gianvito, 著者
Weese, David, 著者
所属:
1Efficient Algorithms for Omics Data (Knut Reinert), Max Planck Fellow Group, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_2385698              
2IMPRS for Biology and Computation (Anne-Dominique Gindrat), Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1479666              

内容説明

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キーワード: C++; Data structures; NGS analysis; Software libraries
 要旨:

Background: The use of novel algorithmic techniques is pivotal to many important problems in life science. For example the sequencing of the human genome (Venter et al., 2001) would not have been possible without advanced assembly algorithms and the development of practical BWT based read mappers have been instrumental for NGS analysis. However, owing to the high speed of technological progress and the urgent need for bioinformatics tools, there was a widening gap between state-of-the-art algorithmic techniques and the actual algorithmic components of tools that are in widespread use. We previously addressed this by introducing the SeqAn library of efficient data types and algorithms in 2008 (Döring et al., 2008).

Results: The SeqAn library has matured considerably since its first publication 9 years ago. In this article we review its status as an established resource for programmers in the field of sequence analysis and its contributions to many analysis tools.

Conclusions: We anticipate that SeqAn will continue to be a valuable resource, especially since it started to actively support various hardware acceleration techniques in a systematic manner.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2017-07-192017-09-062017-11-10
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: -
 識別子(DOI, ISBNなど): DOI: 10.1016/j.jbiotec.2017.07.017
PMID: 28888961
 学位: -

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出版物 1

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出版物名: Journal of Biotechnology
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: Elsevier
ページ: - 巻号: 261 通巻号: - 開始・終了ページ: 157 - 168 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): ISSN: 0168-1656
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/954925484698