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  Aligning Standards Communities for Omics Biodiversity Data: Sustainable Darwin Core-MIxS Interoperability

Meyer, R., Appeltans, W., Duncan, W. D., Dimitrova, M., Gan, Y.-M., Jeppesen, T. S., Mungall, C., Paul, D. L., Provoost, P., Robertson, T., Schriml, L., Suominen, S., Walls, R., Sweetlove, M., Ung, V., Putte, A. V. d., Wallis, E., Wieczorek, J., & Buttigieg, P. L. (2023). Aligning Standards Communities for Omics Biodiversity Data: Sustainable Darwin Core-MIxS Interoperability. BIODIVERSITY DATA JOURNAL, 11:. doi:10.3897/BDJ.11.e112420.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000E-5EA8-C 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000E-5EA9-B
資料種別: 学術論文

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:
BDJ_article_112420.pdf (出版社版), 281KB
ファイルのパーマリンク:
https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000E-5EAA-A
ファイル名:
BDJ_article_112420.pdf
説明:
-
OA-Status:
Not specified
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MIMEタイプ / チェックサム:
application/pdf / [MD5]
技術的なメタデータ:
著作権日付:
-
著作権情報:
-
CCライセンス:
-

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作成者

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 作成者:
Meyer, Raissa1, 著者           
Appeltans, Ward2, 著者
Duncan, William D.2, 著者
Dimitrova, Mariya2, 著者
Gan, Yi-Ming2, 著者
Jeppesen, Thomas Stjernegaard2, 著者
Mungall, Christopher2, 著者
Paul, Deborah L.2, 著者
Provoost, Pieter2, 著者
Robertson, Tim2, 著者
Schriml, Lynn2, 著者
Suominen, Saara2, 著者
Walls, Ramona2, 著者
Sweetlove, Maxime2, 著者
Ung, Visotheary2, 著者
Putte, Anton Van de2, 著者
Wallis, Elycia2, 著者
Wieczorek, John2, 著者
Buttigieg, Pier Luigi2, 著者
所属:
1Max Planck Institute for Marine Microbiology, Max Planck Society, ou_2481692              
2external, ou_persistent22              

内容説明

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キーワード: Biodiversity & Conservation; microbiome; eDNA; biodiversity; information standards; omics; metadata; harmonization; FAIR; MIxS; Darwin Core;
 要旨: The standardization of data, encompassing both primary and contextual information (metadata), plays a pivotal role in facilitating data (re-)use, integration, and knowledge generation. However, the biodiversity and omics communities, converging on omics biodiversity data, have historically developed and adopted their own distinct standards, hindering effective (meta)data integration and collaboration. In response to this challenge, the Task Group (TG) for Sustainable DwC-MIxS Interoperability was established. Convening experts from the Biodiversity Information Standards (TDWG) and the Genomic Standards Consortium (GSC) alongside external stakeholders, the TG aimed to promote sustainable interoperability between the Minimum Information about any (x) Sequence (MIxS) and Darwin Core (DwC) specifications. To achieve this goal, the TG utilized the Simple Standard for Sharing Ontology Mappings (SSSOM) to create a comprehensive mapping of DwC keys to MIxS keys. This mapping, combined with the development of the MIxS-DwC extension, enables the incorporation of MIxS core terms into DwC-compliant metadata records, facilitating seamless data exchange between MIxS and DwC user communities. Through the implementation of this translation layer, data produced in either MIxS-or DwCcompliant formats can now be efficiently brokered, breaking down silos and fostering closer collaboration between the biodiversity and omics communities. To ensure its sustainability and lasting impact, TDWG and GSC have both signed a Memorandum of Understanding (MoU) on creating a continuous model to synchronize their standards. These achievements mark a significant step forward in enhancing data sharing and utilization across domains, thereby unlocking new opportunities for scientific discovery and advancement.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2023-10-02
 出版の状態: オンラインで出版済み
 ページ: 25
 出版情報: -
 目次: -
 査読: -
 識別子(DOI, ISBNなど): ISI: 001098579900002
DOI: 10.3897/BDJ.11.e112420
 学位: -

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出版物 1

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出版物名: BIODIVERSITY DATA JOURNAL
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: 12 PROF GEORGI ZLATARSKI ST, SOFIA, 1700, BULGARIA : PENSOFT PUBLISHERS
ページ: - 巻号: 11 通巻号: e112420 開始・終了ページ: - 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): ISSN: 1314-2836