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Abstract

Antikörper sind Glykoproteine der adaptiven Immunantwort. Ihre Funktion ist die Abwehr von Fremdkörpern, z.B. Krankheitserregern, jedoch führen Störungen des Immunsystems zu Autoimmunerkrankungen. Die Next Generation Sequenziertechnologie ist geeignet, einen schnellen Vergleich zwischen Gesunden und an Rheumatoider Arthritis (RA) leidenden Patienten auf Antikörpergenebene zu ermöglichen. Davor müssen jedoch die experimentellen sowie bioinformatischen Methoden für den Einsatz der Technologie etabliert werden. Im experimentellen Teil dieser Arbeit wurde mittels quantitativer Real-Time Polymerase-Kettenreaktion (qRT-PCR) und Polymerase-Kettenreaktion (PCR) die Basis für den erfolgreichen Testlauf mittels Genome Sequencer FLX Instrument geschaffen. Im bioinformatischen Teil wurde mit Hilfe von Perl-Skripts und einer speziell für die Next Generation Sequenzierdaten programmierten PostgreSQL-Datenbank eine schnelle Analyse von großen Mengen an Next Generation Sequenzierdaten ermöglicht. Somit konnten signifikante Differenzen in der Expression von IgG und IgD mittels qRT-PCR festgestellt werden. Außerdem wurden anhand der Next Generation Sequenzierdaten Unterschiede bezüglich der Antikörperentstehung, -reifung sowie -diversität zwischen Gesunden und RA-Patienten im Hinblick auf die Gennutzung von VH4(DP63) bei IgG und IgD festgestellt. Weitere Untersuchungen sind auf biologischer Ebene notwendig, um die bioinformatisch ermittelten Unterschiede in der Gennutzung zu erforschen und möglicherweise für die therapeutische Anwendung bei RA geeignete Antikörper zu identifizieren.