Reaction mechanism of matrix metalloproteinases with a catalytically active 
zinc ion studied by the QM(DFTB)/MM simulations

Vasilevskaya, Tatiana; Khrenova, Maria G.; Nemukhin, Alexander V.; Thiel, Walter

doi:10.1016/j.mencom.2016.04.010

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Reaction mechanism of matrix metalloproteinases with a catalytically active zinc ion studied by the QM(DFTB)/MM simulations

MPG-Autoren

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Vasilevskaya, Tatiana
Research Department Thiel, Max-Planck-Institut für Kohlenforschung, Max Planck Society;

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Thiel, Walter
Research Department Thiel, Max-Planck-Institut für Kohlenforschung, Max Planck Society;

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Zitation

Vasilevskaya, T., Khrenova, M. G., Nemukhin, A. V., & Thiel, W. (2016). Reaction mechanism of matrix metalloproteinases with a catalytically active zinc ion studied by the QM(DFTB)/MM simulations. Mendeleev Communications, 26(3), 209-211. doi:10.1016/j.mencom.2016.04.010.

Zitierlink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-002B-1396-5

Zusammenfassung

The simulations of oligopeptide hydrolysis by the matrix metalloproteinase MMP-2 using the density functional tight binding (DFTB) quantum chemistry method and the QM/MM methodology partly reproduce the qualitative features of the reaction mechanism but show deviations of the computed patterns from those obtained with the conventional DFT-based approaches.