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Zeitschriftenartikel

Usability of reference-free transcriptome assemblies for detection of differential expression: a case study on Aethionema arabicum dimorphic seeds

MPG-Autoren
/persons/resource/persons201528

Ullrich,  Kristian K.
Department Evolutionary Genetics, Max Planck Institute for Evolutionary Biology, Max Planck Society;

Externe Ressourcen

https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-019-5452-4
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Zitation

Wilhelmsson, P. K. I., Chandler, J. O., Fernandez-Pozo, N., Graeber, K., Ullrich, K. K., Arshad, W., et al. (2019). Usability of reference-free transcriptome assemblies for detection of differential expression: a case study on Aethionema arabicum dimorphic seeds. BMC Genomics, 20: 95. doi:10.1186/s12864-019-5452-4.


Zitierlink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0002-F579-2
Zusammenfassung
RNA-sequencing analysis is increasingly utilized to study gene expression in non-model organisms without sequenced genomes. Aethionema arabicum (Brassicaceae) exhibits seed dimorphism as a bet-hedging strategy – producing both a less dormant mucilaginous (M+) seed morph and a more dormant non-mucilaginous (NM) seed morph. Here, we compared de novo and reference-genome based transcriptome assemblies to investigate Ae. arabicum seed dimorphism and to evaluate the reference-free versus -dependent approach for identifying differentially expressed genes (DEGs).