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IFN? cannot induce autolysosomal fusion with early C. muridarum inclusions to suppress bacterial growth in WT, Atg5?/? and Irg6?/? MEFs. (A) C. muridarum inclusions avoid interaction with lysosomes in all MEFs tested despite IFN? induction. IFN? treated and untreated Irga6, Atg5?/? and WT MEFs were infected with C. muridarum as in Fig. 3A and B. (B) Quantification of LAMP1-positive chlamydial inclusions revealed insignificant colocalization rates. Percentage of colocalization depicted. Error bars ±SD, n?=?3. (C) No maturation of bacterial inclusions into autophagosomes. WT, Irga6?/? and Atg5?/? MEFs were first transfected for 24 h with the autophagosome membrane marker GFP-LC3 and then exposed to 100 U/ml IFN? for an additional 24 h. Next, cells were infected with C. muridarum (MOI 5) for 8 h. IFN?-untreated control cells were similarly infected 48 h post-transfection. LC3 (green) bacterial inclusions (red) with very low processing for the LC3 (D) Quantification of GFP-LC3-positive C. muridarum inclusions demonstrate insignificant colocalization rates among different treatments. For quantification of both LAMP1 and GFP-LC3 +ve inclusions, around 300 inclusions were examined. Colocalization expressed as a mean percentage: number of GFP-LC3 +ve or LAMP1 +ve inclusions, respectively / total number of inclusions ×100. Error bars ±SD, n?=?3. Scale bar represents 5 µm

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IFN? cannot induce autolysosomal fusion with early C. muridarum inclusions to suppress bacterial growth in WT, Atg5?/? and Irg6?/? MEFs. (A) C. muridarum inclusions avoid interaction with lysosomes in all MEFs tested despite IFN? induction. IFN? treated and untreated Irga6, Atg5?/? and WT MEFs were infected with C. muridarum as in Fig. 3A and B. (B) Quantification of LAMP1-positive chlamydial inclusions revealed insignificant colocalization rates. Percentage of colocalization depicted. Error bars ±SD, n?=?3. (C) No maturation of bacterial inclusions into autophagosomes. WT, Irga6?/? and Atg5?/? MEFs were first transfected for 24 h with the autophagosome membrane marker GFP-LC3 and then exposed to 100 U/ml IFN? for an additional 24 h. Next, cells were infected with C. muridarum (MOI 5) for 8 h. IFN?-untreated control cells were similarly infected 48 h post-transfection. LC3 (green) bacterial inclusions (red) with very low processing for the LC3 (D) Quantification of GFP-LC3-positive C. muridarum inclusions demonstrate insignificant colocalization rates among different treatments. For quantification of both LAMP1 and GFP-LC3 +ve inclusions, around 300 inclusions were examined. Colocalization expressed as a mean percentage: number of GFP-LC3 +ve or LAMP1 +ve inclusions, respectively / total number of inclusions ×100. Error bars ±SD, n?=?3. Scale bar represents 5 µm

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