Deutsch
 
Hilfe Datenschutzhinweis Impressum
  DetailsucheBrowse

Datensatz

 
 
DownloadE-Mail
  Global donor and acceptor splicing site kinetics in human cells.

Wachutka, L., Caizzi, L., Gagneur, J., & Cramer, P. (2019). Global donor and acceptor splicing site kinetics in human cells. eLife, 8: e45056. doi:10.7554/eLife.45056.

Item is

Basisdaten

einblenden: ausblenden:
Genre: Zeitschriftenartikel

Dateien

einblenden: Dateien
ausblenden: Dateien
:
3052324.pdf (Verlagsversion), 10MB
Name:
3052324.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
:
3052324_Suppl_1.gz (Ergänzendes Material), 3MB
Name:
3052324_Suppl_1.gz
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/gzip / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
Lizenz:
-
:
3052324_Suppl_2.gz (Ergänzendes Material), 23MB
Name:
3052324_Suppl_2.gz
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/gzip / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
Lizenz:
-
:
3052324_Suppl_3.gz (Ergänzendes Material), 327KB
Name:
3052324_Suppl_3.gz
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/gzip / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
Lizenz:
-
:
3052324_Suppl_4.gz (Ergänzendes Material), 3KB
Name:
3052324_Suppl_4.gz
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/gzip / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
Lizenz:
-
:
3052324_Suppl_5.gz (Ergänzendes Material), 39KB
Name:
3052324_Suppl_5.gz
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/gzip / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
Lizenz:
-
:
3052324_Suppl_6.gz (Ergänzendes Material), 3KB
Name:
3052324_Suppl_6.gz
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/gzip / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
Lizenz:
-
:
3052324_Suppl_7.docx (Ergänzendes Material), 250KB
Name:
3052324_Suppl_7.docx
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-
Lizenz:
-

Externe Referenzen

einblenden:

Urheber

einblenden:
ausblenden:
 Urheber:
Wachutka, L., Autor
Caizzi, L.1, Autor           
Gagneur, J., Autor
Cramer, P.1, Autor           
Affiliations:
1Department of Molecular Biology, MPI for Biophysical Chemistry, Max Planck Society, ou_1863498              

Inhalt

einblenden:
ausblenden:
Schlagwörter: computational biology; genetics; genomics; human; systems biology
 Zusammenfassung: RNA splicing is an essential part of eukaryotic gene expression. Although the mechanism of splicing has been extensively studied in vitro, in vivo kinetics for the two-step splicing reaction remain poorly understood. Here we combine transient transcriptome sequencing (TT-seq) and mathematical modeling to quantify RNA metabolic rates at donor and acceptor splice sites across the human genome. Splicing occurs in the range of minutes and is limited by the speed of RNA polymerase elongation. Splicing kinetics strongly depends on the position and nature of nucleotides flanking splice sites, and on structural interactions between unspliced RNA and small nuclear RNAs in spliceosomal intermediates. Finally, we introduce the 'yield' of splicing as the efficiency of converting unspliced to spliced RNA and show that it is highest for mRNAs and independent of splicing kinetics. These results lead to quantitative models describing how splicing rates are encoded in the human genome.

Details

einblenden:
ausblenden:
Sprache(n): eng - English
 Datum: 2019-04-26
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.7554/eLife.45056
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

einblenden:

Entscheidung

einblenden:

Projektinformation

einblenden:

Quelle 1

einblenden:
ausblenden:
Titel: eLife
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: 52 Band / Heft: 8 Artikelnummer: e45056 Start- / Endseite: - Identifikator: -