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  Algorithms for protein interaction networks

Lappe, M., & Holm, L. (2005). Algorithms for protein interaction networks. Biochemical Society Transactions, 33(3), 530-534.

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基本情報

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資料種別: 学術論文
その他のタイトル : Biochem Soc Trans

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Lappe_05_BST.pdf (全文テキスト(全般)), 334KB
ファイルのパーマリンク:
https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0010-8716-5
ファイル名:
Lappe_05_BST.pdf
説明:
-
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application/pdf / [MD5]
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著作権日付:
-
著作権情報:
eDoc_access: PUBLIC
CCライセンス:
-

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作成者

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 作成者:
Lappe, M.1, 著者           
Holm, L., 著者
所属:
1Independent Junior Research Groups (OWL), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1433554              

内容説明

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キーワード: algorithm; interactome; proteomics; protein interaction network; structure and function; signal-transduction pathway
 要旨: The functional characterization of all genes and their gene products is the main challenge of the postgenomic era. Recent experimental and computational techniques have enabled the study of interactions among all proteins on a large scale. In this paper, approaches will be presented to exploit interaction information for the inference of protein structure, function, signalling pathways and ultimately entire interactomes. Interaction networks can bemodelled as graphs, showing the operation of gene function in terms of protein interactions. Since the architecture of biological networks differs distinctly from random networks, these functional maps contain a signal that can be used for predictive purposes. Protein function and structure can be predicted by matching interaction patterns, without the requirement of sequence similarity. Moving on to a higher level definition of protein function, the question arises how to decompose complex networks into meaningful subsets. An algorithm will be demonstrated, which extracts whole signal-transduction pathways from noisy graphs derived from text-mining the biological literature. Finally, an algorithmic strategy is formulated that enables the proteomics community to build a reliable scaffold of the interactome in a fraction of the time compared with uncoordinated efforts.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2005-01-19
 出版の状態: 出版
 ページ: -
 出版情報: -
 目次: -
 査読: -
 識別子(DOI, ISBNなど): eDoc: 264883
 学位: -

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出版物 1

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出版物名: Biochemical Society Transactions
  出版物の別名 : Biochem Soc Trans
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: -
ページ: - 巻号: 33 (3) 通巻号: - 開始・終了ページ: 530 - 534 識別子(ISBN, ISSN, DOIなど): ISSN: 0300-5127