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  $q$-gram based database searching using a suffix array (QUASAR)

Burkhardt, S., Crauser, A., Ferragina, P., Lenhof, H.-P., Rivals, E., & Vingron, M.(1998). $q$-gram based database searching using a suffix array (QUASAR) (MPI-I-1998-1-024). Saarbrücken: Max-Planck-Institut für Informatik.

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Basisdaten

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Datensatz-Permalink: https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0014-7B6F-7 Versions-Permalink: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0001-583D-9
Genre: Bericht

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:
MPI-I-98-1-024.pdf (beliebiger Volltext), 250KB
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Datei-Permalink:
https://hdl.handle.net/11858/00-001M-0000-0027-83C3-F
Name:
MPI-I-98-1-024.pdf
Beschreibung:
-
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
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-
Copyright Info:
-
Lizenz:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Burkhardt, Stefan1, Autor           
Crauser, Andreas1, Autor           
Ferragina, Paolo1, Autor           
Lenhof, Hans-Peter1, Autor           
Rivals, Eric1, Autor           
Vingron, Martin2, Autor           
Affiliations:
1Algorithms and Complexity, MPI for Informatics, Max Planck Society, ou_24019              
2Gene regulation (Martin Vingron), Dept. of Computational Molecular Biology (Head: Martin Vingron), Max Planck Institute for Molecular Genetics, Max Planck Society, ou_1479639              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: With the increasing amount of DNA sequence information deposited in our databases searching for similarity to a query sequence has become a basic operation in molecular biology. But even today's fast algorithms reach their limits when applied to all-versus-all comparisons of large databases. Here we present a new data base searching algorithm dubbed QUASAR (Q-gram Alignment based on Suffix ARrays) which was designed to quickly detect sequences with strong similarity to the query in a context where many searches are conducted on one database. Our algorithm applies a modification of $q$-tuple filtering implemented on top of a suffix array. Two versions were developed, one for a RAM resident suffix array and one for access to the suffix array on disk. We compared our implementation with BLAST and found that our approach is an order of magnitude faster. It is, however, restricted to the search for strongly similar DNA sequences as is typically required, e.g., in the context of clustering expressed sequence tags (ESTs).

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 1998
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: 11 p.
 Ort, Verlag, Ausgabe: Saarbrücken : Max-Planck-Institut für Informatik
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: -
 Identifikatoren: Reportnr.: MPI-I-1998-1-024
BibTex Citekey: BurkhardtCrauserFerraginaLenhofRivalsVingron98
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Research Report / Max-Planck-Institut für Informatik
Genre der Quelle: Reihe
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: - Band / Heft: - Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: -