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  The codon sequences predict protein lifetimes and other parameters of the protein life cycle in the mouse brain.

Mandad, S., Rahman, R. U., Centeno, T. P., Vidal, R. O., Wildhagen, H., Rammner, B., et al. (2018). The codon sequences predict protein lifetimes and other parameters of the protein life cycle in the mouse brain. Scientific Reports, 8: 16913. doi:10.1038/s41598-018-35277-8.

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Genre: Zeitschriftenartikel

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Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Mandad, S.1, Autor           
Rahman, R. U., Autor
Centeno, T. P., Autor
Vidal, R. O., Autor
Wildhagen, H., Autor
Rammner, B., Autor
Keihani, S., Autor
Opazo, F., Autor
Urban, I.2, Autor           
Ischebeck, T., Autor
Kirli, K.3, Autor           
Benito, E., Autor
Fischer, A., Autor
Yousefi, R. Y., Autor
Dennerlein, S., Autor
Rehling, P.4, Autor           
Feussner, I., Autor
Urlaub, H.1, Autor           
Bonn, S., Autor
Rizzoli, S. O., Autor
Fornasiero, E. F., Autor mehr..
Affiliations:
1Research Group of Bioanalytical Mass Spectrometry, MPI for Biophysical Chemistry, Max Planck Society, ou_578613              
2Department of Genes and Behavior, MPI for Biophysical Chemistry, Max Planck Society, ou_persistent34              
3Department of Cellular Logistics, MPI for Biophysical Chemistry, Max Planck Society, ou_578574              
4Max Planck Fellow Peter Rehling, ou_1298545              

Inhalt

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Schlagwörter: -
 Zusammenfassung: The homeostasis of the proteome depends on the tight regulation of the mRNA and protein abundances, of the translation rates, and of the protein lifetimes. Results from several studies on prokaryotes or eukaryotic cell cultures have suggested that protein homeostasis is connected to, and perhaps regulated by, the protein and the codon sequences. However, this has been little investigated for mammals in vivo. Moreover, the link between the coding sequences and one critical parameter, the protein lifetime, has remained largely unexplored, both in vivo and in vitro. We tested this in the mouse brain, and found that the percentages of amino acids and codons in the sequences could predict all of the homeostasis parameters with a precision approaching experimental measurements. A key predictive element was the wobble nucleotide. G-/C-ending codons correlated with higher protein lifetimes, protein abundances, mRNA abundances and translation rates than A-/U-ending codons. Modifying the proportions of G-/C-ending codons could tune these parameters in cell cultures, in a proof-of-principle experiment. We suggest that the coding sequences are strongly linked to protein homeostasis in vivo, albeit it still remains to be determined whether this relation is causal in nature.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2018-11-15
 Publikationsstatus: Online veröffentlicht
 Seiten: -
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.1038/s41598-018-35277-8
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Scientific Reports
Genre der Quelle: Zeitschrift
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: -
Seiten: 19 Band / Heft: 8 Artikelnummer: 16913 Start- / Endseite: - Identifikator: -