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  MSMC and MSMC2: the multiple sequentially markovian coalescent

Schiffels, S., & Wang, K. (2020). MSMC and MSMC2: the multiple sequentially markovian coalescent. In J. Y. Dutheil (Ed.), Statistical population genomics (pp. 147-165). New York, NY: Humana. doi:10.1007/978-1-0716-0199-0_7.

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shh2504.pdf (Verlagsversion), 3MB
Name:
shh2504.pdf
Beschreibung:
OA
OA-Status:
Sichtbarkeit:
Öffentlich
MIME-Typ / Prüfsumme:
application/pdf / [MD5]
Technische Metadaten:
Copyright Datum:
-
Copyright Info:
-

Externe Referenzen

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Urheber

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 Urheber:
Schiffels, Stephan1, Autor           
Wang, Ke1, Autor           
Affiliations:
1Archaeogenetics, Max Planck Institute for the Science of Human History, Max Planck Society, ou_2074310              

Inhalt

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Schlagwörter: Demographic inference, Complete genome sequencing, Phasing, Population structure, Coalescent modelling
 Zusammenfassung: The Multiple Sequentially Markovian Coalescent (MSMC) is a population genetic method and software for inferring demographic history and population structure through time from genome sequences. Here we describe the main program MSMC and its successor MSMC2. We go through all the necessary steps of processing genomic data from BAM files all the way to generating plots of inferred population size and separation histories. Some background on the methodology itself is provided, as well as bash scripts and python source code to run the necessary programs. The reader is also referred to community resources such as a mailing list and github repositories for further advice.

Details

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Sprache(n): eng - English
 Datum: 2020-01-242020
 Publikationsstatus: Erschienen
 Seiten: 20
 Ort, Verlag, Ausgabe: -
 Inhaltsverzeichnis: -
 Art der Begutachtung: Expertenbegutachtung
 Identifikatoren: DOI: 10.1007/978-1-0716-0199-0_7
Anderer: shh2504
 Art des Abschluß: -

Veranstaltung

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Entscheidung

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Projektinformation

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Quelle 1

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Titel: Statistical population genomics
Genre der Quelle: Buch
 Urheber:
Dutheil, Julien Y., Herausgeber
Affiliations:
-
Ort, Verlag, Ausgabe: New York, NY : Humana
Seiten: 466 Band / Heft: - Artikelnummer: II.7 Start- / Endseite: 147 - 165 Identifikator: ISBN: 978-1-0716-0199-0
ISBN: 978-1-0716-0198-3
DOI: 10.1007/978-1-0716-0199-0

Quelle 2

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Titel: Methods in Molecular Biology
  Kurztitel : MIMB
Genre der Quelle: Reihe
 Urheber:
Affiliations:
Ort, Verlag, Ausgabe: New York, NY : Humana
Seiten: - Band / Heft: 2090 Artikelnummer: - Start- / Endseite: - Identifikator: ISSN: 1940-6029
ISSN: 1064-3745