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  Computational strategies to combat COVID-19: useful tools to accelerate SARS-CoV-2 and Coronavirus research

Hufsky, F., Lamkiewicz, K., Almeida, A., Aouacheria, A., Arighi, C., Bateman, A., Baumbach, J., Beerenwinkel, N., Brandt, C., Cacciabue, M., Chuguransky, S., Drechsel, O., Finn, R. D., Fritz, A., Fuchs, S., Hattab, G., Hauschild, A.-C., Heider, D., Hoffmann, M., Hölzer, M., Hoops, S., Kaderali, L., Kalvari, I., von Kleist, M., Kmiecinski, R., Kühnert, D., Lasso, G., Libin, P., List, M., Löchel, H. F., Martin, M. J., Martin, R., Matschinske, J., McHardy, A. C., Mendes, P., Mistry, J., Navratil, V., Nawrocki, E., O'Toole, Á. N., Palacios-Ontiveros, N., Petrov, A. I., Rangel-Piñeros, G., Redaschi, N., Reimering, S., Reinert, K., Reyes, A., Richardson, L., Robertson, D. L., Sadegh, S., Singer, J. B., Theys, K., Upton, C., Welzel, M., Williams, L., & Marz, M. (2021). Computational strategies to combat COVID-19: useful tools to accelerate SARS-CoV-2 and Coronavirus research. Briefings in Bioinformatics, 22(2):, pp. 642-663. doi:10.1093/bib/bbaa232.

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基本情報

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アイテムのパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0007-2E50-C 版のパーマリンク: https://hdl.handle.net/21.11116/0000-000A-A6F8-3
資料種別: 学術論文

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shh2710.pdf (出版社版), 3MB
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ファイルのパーマリンク:
https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0007-EFDF-2
ファイル名:
shh2710.pdf
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OA
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MIMEタイプ / チェックサム:
application/pdf / [MD5]
技術的なメタデータ:
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著作権日付:
-
著作権情報:
-
CCライセンス:
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
:
shh2710pre.pdf (プレプリント), 7MB
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https://hdl.handle.net/21.11116/0000-0007-EFE0-F
ファイル名:
shh2710pre.pdf
説明:
OA . - preprint.org
OA-Status:
閲覧制限:
公開
MIMEタイプ / チェックサム:
application/pdf / [MD5]
技術的なメタデータ:
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著作権日付:
-
著作権情報:
-
CCライセンス:
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

関連URL

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URL:
bioinformatics tools (付録資料)
説明:
collected list of bioinformatics tools designed explicitly for SARS-CoV-2 and coronaviruses
OA-Status:

作成者

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 作成者:
Hufsky, Franziska, 著者
Lamkiewicz, Kevin, 著者
Almeida, Alexandre, 著者
Aouacheria, Abdel, 著者
Arighi, Cecilia, 著者
Bateman, Alex, 著者
Baumbach, Jan, 著者
Beerenwinkel, Niko, 著者
Brandt, Christian, 著者
Cacciabue, Marco, 著者
Chuguransky, Sara, 著者
Drechsel, Oliver, 著者
Finn, Robert D., 著者
Fritz, Adrian, 著者
Fuchs, Stephan, 著者
Hattab, Georges, 著者
Hauschild, Anne-Christin, 著者
Heider, Dominik, 著者
Hoffmann, Marie, 著者
Hölzer, Martin, 著者
Hoops, Stefan, 著者Kaderali, Lars, 著者Kalvari, Ioanna, 著者von Kleist, Max, 著者Kmiecinski, René, 著者Kühnert, Denise1, 著者           Lasso, Gorka, 著者Libin, Pieter, 著者List, Markus, 著者Löchel, Hannah F., 著者Martin, Maria J., 著者Martin, Roman, 著者Matschinske, Julian, 著者McHardy, Alice C., 著者Mendes, Pedro, 著者Mistry, Jaina, 著者Navratil, Vincent, 著者Nawrocki, Eric, 著者O'Toole, Áine Niamh, 著者Palacios-Ontiveros, Nancy, 著者Petrov, Anton I., 著者Rangel-Piñeros, Guillermo, 著者Redaschi, Nicole, 著者Reimering, Susanne, 著者Reinert, Knut, 著者Reyes, Alejandro, 著者Richardson, Lorna, 著者Robertson, David L., 著者Sadegh, Sepideh, 著者Singer, Joshua B., 著者Theys, Kristof, 著者Upton, Chris, 著者Welzel, Marius, 著者Williams, Lowri, 著者Marz, Manja, 著者 全て表示
所属:
1tide, Max Planck Institute for the Science of Human History, Max Planck Society, ou_2591691              

内容説明

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キーワード: virus bioinformatics, SARS-CoV-2, sequencing, epidemiology, drug design, tools
 要旨: SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) is a novel virus of the family Coronaviridae.
The virus causes the infectious disease COVID-19. The biology of coronaviruses has been studied for many
years. However, bioinformatics tools designed explicitly for SARS-CoV-2 have only recently been developed
as a rapid reaction to the need for fast detection, understanding, and treatment of COVID-19. To control the
ongoing COVID-19 pandemic, it is of utmost importance to get insight into the evolution and pathogenesis of
the virus.
In this review, we cover bioinformatics workflows and tools for the routine detection of SARS-CoV-2 infection,
the reliable analysis of sequencing data, the tracking of the COVID-19 pandemic and evaluation of containment
measures, the study of coronavirus evolution, the discovery of potential drug targets and development of therapeutic
strategies. For each tool, we briefly describe its use case and how it advances research specifically for
SARS-CoV-2. All tools are freely available online, either through web applications or public code repositories.

資料詳細

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言語: eng - English
 日付: 2020-11-042021-03
 出版の状態: 出版
 ページ: 22
 出版情報: -
 目次: 1 Introduction

2 Detection and annotation
2.1 PriSeT: Primer Search Tool
2.2 CoVPipe: Amplicon-based genome reconstruction
2.3 poreCov: Rapid sample analysis for nanopore sequencing
2.4 VADR: SARS-CoV-2 genome annotation and validation
2.5 V-Pipe: Calling single-nucleotide variants and viral haplotypes
2.6 Haploflow: Multi-strain aware de novo assembly
2.7 VIRify: Annotation of viruses in meta-omic data
2.8 Genome analysis tools by VBRC
2.9 VIRULIGN: Codon-correct multiple sequence alignments
2.10 Rfam COVID-19 Resources: Coronavirusspecific RNA families
2.11 UniProt COVID-19 protein portal: rapid access to protein information
2.12 Pfam protein families database

3 Tracking, epidemiology and evolution
3.1 Covidex: Alignment-free subtyping using machine learning
3.2 Pangolin: Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages
3.3 BEAST2: Phylodynamics based on Bayesian inference
3.4 Phylogeographic reconstruction using air transportation data
3.5 COPASI: Modeling SARS-CoV-2 dynamics with differential equations
3.6 COVIDSIM: Epidemiological models of viral spread
3.7 CoV-GLUE: tracking nucleotide changes in the SARS-CoV-2 genome
3.8 PoSeiDon: Positive Selection Detection and Recombination Analysis

4 Drug design
4.1 VirHostNet SARS-CoV-2 release
4.2 CORDITE: CORona Drug InTERactions database
4.3 CoVex: CoronaVirus Explorer
4.4 P-HIPSTer: a virus-host protein-protein interaction resource

5 Concluding remarks
 査読: 査読あり
 識別子（DOI, ISBNなど）: DOI: 10.1093/bib/bbaa232
DOI: 10.20944/preprints202005.0376.v1
その他: shh2710
 学位: -

関連イベント

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訴訟

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Project information

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出版物 1

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出版物名: Briefings in Bioinformatics
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: London : H. Stewart Publications
ページ: - 巻号: 22 (2) 通巻号: bbaa232 開始・終了ページ: 642 - 663 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: ISSN: 1467-5463
CoNE: https://pure.mpg.de/cone/journals/resource/974392606063

出版物 2

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出版物名: Preprints.org
種別: 学術雑誌
 著者・編者:
所属:
出版社, 出版地: Basel : MPDI
ページ: - 巻号: - 通巻号: 0376.v1 開始・終了ページ: - 識別子（ISBN, ISSN, DOIなど）: URN: https://www.preprints.org/